A hazai természetvédelem egy másik és a mai napig sok esetben nehezen kezelt része az EU-s csatlakozással életbe lépett Natura2000 élőhely védelmi és fejlesztési hálózat és területhasználat.
Itt is számtalan korlátozás éri a gazdálkodót, azonban ezen korlátozások jól ütemezve érdemben nem befolyásolják károsan a gazdálkodó lehetőségét. Mindezeken felül a normatív támogatási rendszer az élőhelyi értékek megőrzését segíti elő.
Sokan úgy vélik, hogy az ország területéhez képest kimagaslóan sok a Natura2000 élőhelyek nagysága. Sok? Vagy csak elődeinktől elegendően sok értéket kaptunk meg, amivel a mai napig élni, együttélni és jövőt formálni lehet.